生活飲衛生標準GB 5749-2022 規定的常規檢驗微生物指標共3項，總大腸菌群、大腸埃希氏菌、菌落總數。其中水中菌落總數可作為評價水質清潔程度和考核凈化效果；大腸菌群指示水體是否存在腸道傳染病的可能性。作為糞便污染的指示菌，大腸埃希氏菌檢出的意義最大，其次是糞大腸菌群，總大腸菌群的衛生學意義稍遜一些。
水質微生物檢測依據
GB/T 5750.2-2023《生活飲用水標準檢驗方法 第2部分：水樣的采集與保存》
GB/T 5750.12-2023《生活飲用水標準檢驗方法 第12部分：微生物指標》
水質微生物檢測水樣采集方法
一、采樣容器
潔凈磨口硬質玻璃瓶；潔凈聚乙烯瓶（桶或袋）
二、采樣容器的洗滌
1.容器洗滌：將容器用自來水和洗滌劑洗滌，并用自來水徹底沖洗后用質量分數為10%的硝酸（或鹽酸）浸泡8h以上，然后依次用自來水和純水洗凈。
2.容器滅菌：可采用干熱或高壓蒸汽滅菌兩種。干熱滅菌要求160℃下維持2h；高壓蒸汽滅菌要求121℃下維持15min，高壓蒸汽滅菌后的容器如不立即使用，應置于60℃烘箱內將瓶內冷凝水烘干。滅菌后的容器應在2周內使用。
三、水質微生物檢測采樣要求
1.無菌操作。
2.不應用水樣蕩洗已滅菌的采樣瓶或采樣袋 。
3.避免手指和其他物品對瓶口或袋口的玷污。
4.自來水水樣：先將水龍頭用火焰燒灼3min滅菌再開放水龍頭使水流5min（經常用水的水龍頭放水1-3min）后，采集微生物水樣。
5.水源水水樣：選有代表性的地點及可疑地方，一般距水面下10-15cm采集，采樣后在水中蓋好蓋子，再從水中取出。
6.從速送檢，在0~4℃下保存，微生物水樣從采集到檢驗不應超過8h。
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