“養魚先養水”，養殖水環境是水生動物賴以生存和生長的基礎，優良水質環境可以促進水產高效健康養殖的必要條件。溶氧、pH、氨氮、亞硝鹽等是水產養殖水質中日常可監控的重要指標，同時監測尾水中總磷（淡水）、活性磷酸鹽（海水）、高錳酸鹽指數（淡水）、化學需氧量（海水）、重金屬（銅、鋅）、硫化氫等指標也可以反映養殖生產與環境友好程度，需要在水產養殖過程中日常關注。
1.溶解氧
2.pH值
3.氨氮
氨氮對水生動物的有危害，干擾生物滲透壓調節系統，破壞鰓組織的粘膜層，降低血紅素攜帶氧的能力，攝食降低，生長減慢，引起中毒死亡。正常水產養殖水體氨氮一般不超過0.2mg/L，適宜控制在0.5mg/L以下。
4.亞硝酸鹽
5.重金屬（銅、鋅）
在養殖水體中，重金屬主要來自于養殖水源水的工農業污染，重金屬超標會加重水產養殖動物肝臟的負擔，嚴重時造成養殖動物的死亡。一旦水體中有重金屬離子的存在，就會通過與水體交換的鰓或者通過餌料進入水生動物體內蓄積，對水生動物造成危害。漁業水質對其要求含量銅要低于0.01mg/L，鋅要低于0.1mg/L。
6.硫化氫
引起水生動物中毒。水產養殖水體中的硫化氫主要來自池底中殘餌和糞便中的含硫有機物厭氧分解。對水生動物有毒害作用是酸性條件下的非離子態硫化氫進入水生動物血液之后能與水生動物血紅蛋白中的鐵結合，降低血液對氧的運輸能力，導致水生動物生長速度變慢，機體免疫力下降，呼吸困難，易患病，甚至造成中毒死亡。一般認為水產養殖水體中的非離子態硫化氫含量不應高于0.1mg/L，育苗水體不應高于0.05mg/L，最好不檢出。
7.化學需氧量（高錳酸鹽指數）
化學需氧量是反映水體中有機和無機可氧化物質污染的常用指數，主要污染來源是飼料分解和養殖生物排泄物。淡水水域一般采用高錳酸鹽指數反映化學需氧量。漁業水質對其要求含量海水養殖化學需氧量要低于3mg/L，淡水養殖高錳酸鹽指數要低于6mg/L。
8.總磷
水產養殖尾水中的總磷主要來源于飼料中的添加劑、飼料分解物及養殖生物的排泄產物，包括有機磷和無機磷（活性磷酸鹽），各種形式的磷在一定的條件下可以相互轉化。浮游植物在合適的氮磷比范圍內且在過量提供的條件下，生長旺盛，突發增殖，破壞生態結構，引發赤潮，造成缺氧環境。合漁業水質對淡水養殖總磷含量要求低于0.2mg/L，對海水水產養殖活性磷酸鹽含量要求低于0.03mg/L。
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